Badan Pemberdayaan Masyarakat dan Perempuan Kota Samarinda berdasarkan Keputusan Walikota Samarinda Nomor  24 Tahun 2009 memiliki struktur Organisasi sebagai berikut :

  1. Kepala Badan
  1. Sekretariat Membawahi :
  • Sub Bagian Umum
  • Sub Bagian Keuangan
  • Sub Bagian Perencanaan Program
  1. Bidang Pemberdayaan Masyarakat membawahi :
  • Sub Bidang Pemerintahan dan Penguatan Kelembagaan.
  • Sub Bidang Pemberdayaan dan Potensi Ekososbud dan Hanmas.
  1. Bidang Pemberdayaan Perempuan dan PUG membawahi :
  • Sub Bidang Peningkatan Kualitas Hidup Perempuan
  • Sub Bidang Pengarusutamaan Gender dan Perlindungan Perempuan.
  1. Bidang Kesejahteraan dan Perlindungan Anak membawahi :
  • Sub Bidang Perlindungan Anak
  • Sub Bidang Kesejahteraan Anak